國內這波疫情延燒至今，已經出現 14 例兒童重症病例，指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞指出：「個案年紀從 1-10 歲都有，其中年紀最小是 8 個月大，其中有 6 例腦炎、4 例肺炎、2 例敗血症、1 例哮吼症，1 例為在家人死亡獨立在家死亡案例。」只是為什麼腦炎的比例這麼高，不排除與華人遺傳、代謝、環境有關，仍需要進一步更多研究資料。
根據國外經驗，兒童染疫多數都是輕症居多，但國內這波疫情以來不僅兒童染疫比例大增外，也接連出現兒童確診併發腦炎，並且已經造成至少 3 例腦炎兒童死亡。
CDC 日前研討會不少兒科醫師也分享臨床上實際的案例，羅一鈞提到：「其中 4 歲的女童曾在 5 月 19 日公布重症，目前法傳還沒收到死亡，10 歲的男童也是昨天公佈腦炎合併多重器官衰竭，剛剛法傳系統有收到資料，死亡的資料會跟大家公布，這兩例主要都是死亡待審的個案。」
香港研究指出有 13 %染疫兒童出現神經學症狀，針對國內腦炎狀況，陳時中坦言：「案件是恨少也是比鄰近國家看起來比較多，所以也是個警訊，提出應注意的事項，可以提供最好醫療上的幫助。」
針對可能的原因，不排除與華人遺傳、代謝、環境有關，羅一鈞說：「因為在日本、韓國都沒有這樣的報告，專家也有建議需要成立平台進行相關研究，針對腦炎的問題來探討。」
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也因應兒童疫情嚴峻，現在家長更加積極讓孩子接種，各縣市兒童疫苗踴躍，目前 6-11 歲族群約有 23 萬人已完成接種。陳時中提到：「國內 BNT 或是，5-11 歲有 77 萬劑一定足夠。總人數扣除已打莫德納，縱使是超高施打率也足夠，請大家放心。12-18 歲在成人的疫苗進來打第三劑，此次進來 185 萬多劑裡面打過第二劑者 95 萬，裡面要施打最高是 90 萬，先提供給青少年施打剩餘數量才給成人施打。」
另外，莫德納疫苗已完成 6 歲以下兒童疫苗臨床研究，莊人祥說：「莫德納有提供臨床試驗的資料，若美國通過 EUA 也會儘速慶他們提供資料，7月之後莫德納疫苗會有新的劑量，比較可能針對六歲以下提供疫苗。」
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