這本波本土疫情以來除了年長者、未接種疫苗者的個案之外，兒童腦炎病逝的狀況值得關注，指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞指出：「累積已經有 7 位死亡兒童，有 5 位腦炎、1 位敗血症、1 位在家中死亡。」
今日有 2 例的兒童死亡個案，均是先前公布重症個案，羅一鈞指出：「一例是 5 月 19 日的 4 歲女童本身沒有慢性疾病，染疫後出現腦炎住到加護病房，經過藥物救治後還是出現多重器官衰竭過世。另一例是 5 月 22 日公布 1 歲女童本身有腸道閉鎖病史，當時敗血症住到加護病房，後續出現敗血性休克不幸在 5 月 23 日過世。」
腦炎不僅致命性，就怕後續造成後遺症，且往往發生是不可預料的，台大小兒科醫師李秉穎在今天廣播節目中說：「這有點類似過去 71 型的狀況，無法預測病毒何時會進入腦袋，很難預防跟治療，後遺症視程度最嚴重可能會長期臥床。」
在 1998 年國內曾發生腸病毒大流行，調查有 12 萬多名有手口足病，其中 405 重症、 78 例死亡，死亡率約萬分之六。羅一鈞提到：「醫師們會針對腦炎情況都會有些擔憂，以腸病毒重症個案或腦炎個案來看，其實也會發現蠻多小朋友恢復蠻好，只是在神經肌肉系統方面的後遺症還是能避免就避免，也因此提醒家長，在染疫出現八個前驅症狀，一定要盡速就醫。」
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針對後續康復的過程，羅一鈞也說：「會有神經復健方面的醫師或專家團隊一起介入，針對孩子的神經律動功能安排復健，不過新冠腦炎的部分尚未看到香港後續的報告，台灣醫療團隊會針對其復健進行妥善安排。」
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